يتكون الصندوق الوطني للتعاون الفلاحي من شبكة تبلغ 64 مكتب جهوي، يسمون بالصناديق الجهوية. هذه الأخيرة مرتبطة بـ 252 مكتب محلي وصندوق عام.

الصناديق الجهوية للتعاون الفلاحي شركات بموظفين مدنيين وهدف بعيد عن الربح وبطابع تعاوني.

أنجزت هذه الصناديق بعقد لدى كاتب عدل من طرف أفراد حاضرين معنويا أو جسديا والمالكون لحصص اجتماعية التي تمنحهم حالة شريك.

هذه الحصص الاجتماعية هي التي تكون رأس مال الصندوق وأما الشركاء فينتخبون مجلس إدارة يقوده رئيس.

بالنسبة لشركاء الصندوق الوطني التعاون الفلاحي  فهو متكون من رؤساء الصناديق الجهوية والتي تكون الجمعية العامة. يتكون مجلس الإدارة للصندوق الوطني للتعاون الفلاحي من 9 أعضاء. يرشح منهم 7 من مجموع الجمعية العامة في مدة محددة بـ 5سنوات ويختار منهم 2.

يختار المدير العام للصندوق الوطني للتعاون الفلاحي بقرار رئاسي باقتراح من وزير الفلاحة والتنمية الريفية وهذا بعد أخذ رأي مجلس الإدارة. هذا ما يجعله بنفس الشكل مديرا أيضا للصناديق الجهوية ويعطيه صلاحية اختيار المدراء لهاته الصناديق كما يقوم الصندوق الوطني للتعاون الفلاحي بإعادة تأمين الصناديق الجهوية.

الصندوق الوطني للتعاون الفلاحي مؤسسة مالية تعاونية، والشريك المفضل لدى السلطات العمومية في مجال مشاريع التطوير الفلاحي، يحتضن الصندوق ويسير جزءا من أملاك الدولة لدعم وتطوير قطاع الفلاحة.

المؤسسة دوما في خدمة واحتياجات شركائها وزبائنها. تحمي الممتلكات والأفراد ضد الأخطار المناخية وتلعب دورا اجتماعيا وتجاريا وحيدا في العالم الفلاحي والريفي.

يتكون الصندوق الوطني للتعاون الفلاحي من الناحية التنظيمية من:

-        المدير العام

-        الأمين العام

-        مديرية الموارد البشرية

-        مديرية الإتصال

-        مديرية الشؤون القانونية والمنازعات

-        مديرية صناديق الدولة

-        مديرية الشبكة ومراقبة التسيير

-        مديرية المالية والمحاسبة

-        مديرية وحدة الطباعة

-        مديرية وحدة تسيير العقارات

-        مديرية الحماية الداخلية للإنشاءات

-        مديرية الموارد العامة

-        المديرية التقنية للتأمينات وتتفرع إلى

-        مديرية التأمينات الفلاحية

-        مديرية التأمينات النباتية

-        مديرية تأمين النقل البحري

-        مديرية IARD

-        مديرية إعادة التأمين

-        مديرية تأمين السيارات

-        المديرية التجارية

-        مديرية الإعلام الآلي

يمارس الصندوق الوطني للتعاون الفلاحي نشاطاته عبر 62 صندوق جهوي والمتفرعون على 235 مكتب محلي عبر التراب الوطني، كما يبلغ عدد الشركاء الذين يتميزون بحصة واحدة  أو حصص اجتماعية متعددة 000 135.